协商还款二次分期的收费是否包括其他费用的答案是：收费包括其他费用。

首先，根据《中华人民共和国合同法》的规定，当事人约定的费用应当包括各种费用和附加费用。在协商还款二次分期的过程中，催收机构或银行可能会对借款人收取各种手续费、违约金以及利息等。这些费用本质上都是还款合同的附加费用，因此在约定收费时应该一并考虑到。

其次，在实际操作中，催收机构或银行往往会将附加费用与分期服务费等结合在一起，以方便管理和操作。分期服务费是银行或催收机构对借款人提供分期服务所收取的费用，它包括了一系列的服务，如借款额度评估费、账户管理费、跨期手续费、罚息等。如果将附加费用与分期服务费分开收取，不仅增加管理成本，也会给借款人带来额外的经济负担。

最后，根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的规定，消费者购买商品或者接受服务，享有依法平等的选择权、知情权、安全权等基本权利，商家不得要求消费者购买非必须的商品、服务或由于商品、服务不良而要求消费者支付其他费用。在协商还款二次分期的过程中，银行或催收机构应当以透明的方式告知借款人相关费用，且不得要求借款人支付超出合同约定范围的费用。

综上所述，协商还款二次分期的收费包括其他费用，这是合理、必要且经济上可行的，同时也是符合法律规定的。银行或催收机构在收取相应费用时，应该以透明的方式告知借款人相关费用，且不得要求借款人支付超出合同约定范围的费用，否则可能会面临法律上的后果。